17世紀にドイツで起こった敬虔主義運動がスウエ―デンに伝わると、ルーテル国教会から「ミッション・フレンド」と呼ばれる自由教会が生まれました。ミッション・フレンドの移民グループがアメリカに渡ると1885年に米国カヴェナント教会が組織され、1895年には中国へ宣教師が派遣されます。
しかし、1948年に3名の宣教師が賊に射殺され殉教の死を遂げたこと、1949年に共産主義革命が起きたことから、中国宣教に終止符が打たれます。そのような中、次の宣教地として日本が選ばれ、1949年日本カヴェナント宣教会が組織され１９５０年代から東京、神奈川、新潟・群馬の三地区に分かれて活動が展開されました。1952年聖契神学校が目黒に開校し、1967年日本聖契キリスト教団が誕生しました。現在の日本聖契キリスト教団には20の地域教会と、聖契神学校、赤城バイブルキャンプ場、小田原クリスチャンセンターの三つの施設があります。